Sitenin dosyaları hangi sunucudaysa cloudflare üzerinde onun IP adresiyle A kaydı açmanız gerekiyor.
Aynı dediğiniz şekilde yapıyorum hocam. ama belirtmeyi unuttuğum bir husus var.
sub.domain.com şeklinde olan url yi tarayıcı üzerinde açmaya çalıştığım zaman chrome "sizi çok fazla yönlendirdi" diye bir hata veriyor. Bu hata genelde .htaccess kayanaklı gibi gözükmekte ama subdomain folder da herhangi bir .htaccess dosyası yok daha doğrusu pleskin index sayfasından başka herhangi bir dosya yok.
Eğer manuel DNS kaydı oluşturmakla uğraşmak istiyorsanız evet ana domaini her iki sunucuya da eklemeniz gerekiyor. Ardından hangi subdomaini hangi sunucuda kullanacaksanız oraya açmanız yeterli. Ancak DNS karşılığının yapılabilmesi için ana domaini mutlaka eklemiş olmanız lazım.
Ana domain her 2 sunucuya da ekli hocam.