Eğer manuel DNS kaydı oluşturmakla uğraşmak istiyorsanız evet ana domaini her iki sunucuya da eklemeniz gerekiyor. Ardından hangi subdomaini hangi sunucuda kullanacaksanız oraya açmanız yeterli. Ancak DNS karşılığının yapılabilmesi için ana domaini mutlaka eklemiş olmanız lazım.