shellde root olarak
mysql -u <kullanici> -p <sifre> <veritabani> -e 'show table status' | awk '{print $2}' | sort | uniq
yazdığın zaman çıkan sonuçlar içerisinde innodb kelimesi geçiyorsa innodb kullanıyosun demektir. çıkmıyorsa yoktur. InnoDB, mysql sunucusunda bir tablo tipidir ve transaction desteği gibi destekler mevcuttur. Ayrıca interbase mimarisi olan kişi tarafından icat edilmiş ve sonradan geliştirilmeyen bir yapıdır. Ancak birçok sistem hala innodb kullanmaktadır. mesela plesk innodb kullanıyor

my.conf dosyanı
[mysqld]
socket = /var/lib/mysql/mysql.sock
skip-locking
skip-innodb
key_buffer = 256M
table_cache = 1024
max_connections = 1000
query-cache-type = 1
query-cache-size = 32M
max_allowed_packet=64M
safe-show-database
set-variable=local-infile=0
max_allowed_packet = 32M
şu şekilde değiştirip mysql sunucusunu restart ettikten sonra mysql durumunu bir iki gün kullanarak deneyebilirsin.
eğer innodb kullanıyorsan skip-innodb önüne bir # işareti koyabilirsin. eğer top n1 listesini ve halihazırda bulunan my.cnf yazarsan daha iyi yardımcı olunacaktır.