vb. sürümlerinin hepsi 3.6.8 de
gereksiz hiçbir eklenti yok hepsi min.zaten

mySQL Optimize et derken tam olarak ne demek istedin

bu arada vpsnde

Apache'yi 2.x versiyona upgrade edin
Php yi 5.2.3 e upgrade edin
mysql 5.0.45 e upgrade edin

xcache' i php accelerator olarak kurun
memcached i datastore accelerator olarak kurun.
özellikler yapıldır.