chkconfig komutu sunucu yeniden başlatıldığında servisin otomatik başlamasını engelleyecekti.

/etc/rc.local içine service ntpd stop şeklinde komut eklersenizde iş görür başlangıçta direk durdurur servisi. Sık reboot atmıyorsanız sunucuya böylede kalabilir.