iframe ile yaparsın ama linkler iframe içinden tıklanacağından, navigation bar da adres değişikliğini göremezsin. (+ bu durum belki seo yu da etkileyebilir)
sayfayı ikiye bölersin iki iframe olarak, birinde player olur belki görünmez ve ufak birşey diğerinde de asıl sayfan olur. player ekranda gözükmeyeceğinden ya da gözükse de bağımsız olduğundan, asıl sayfada herhangibir link tıklanınca iframe içinde refreshleme olacak, senin playerında bir refresh olmayacağından müziğin çalmaya devam edecek. css le bu durumu güzelleştirip bütünleştirebilirsin.