Hiç tablo ile hazırlanmış site kullanmadım ama ie için aşağıdaki şekillerde css dosyaları oluşturup, ie sürümlerine göre fixleyebilirsin.
Alıntı
<!--[if IE 8]><link rel="stylesheet" type="text/css" href="ie8.css" /><![endif]-->
<!--[if IE 7]><link rel="stylesheet" type="text/css" href="ie7.css" /><![endif]-->
<!--[if IE 6]><link rel="stylesheet" type="text/css" href="ie6.css" /><![endif]-->
