Linux Sunucuda wmv + avi yi flv ye dönüştürmek

mrb arkadaşlar sunucuma yolladıgım bir klosordeki videoları otomatik olarak flv ye dönüştürmek istiyorum.bunu nasıl yaparım.en azından fikri olan veya kaynak gösterebilecek olan varmı.
sunucumda ffmpeg - ionCube yüklü.

SSH üzerinden bir kaç komut ile yapılıyordu ama nasıl yapılıyordu, komut nasıldı onları hatırlamıyorum malesef.

Host firmam yapmıyo illa ben yapıcakmısım.vaktim olsa yaparım ama bir haftaya askerim.cok acil yapmam lazım bilen arkadaş varsa gercekten cok sevinirim.