/etc/my.conf dosyasında max_allowed_packet değerini artırın. Standartta 1mb olması lazım. Eğer çalıştırdığınız sorgu daha büyükse, mysql sunucusu otomatikmen bağlantıyı koparır. Bu da mysql server has gone away hatası almanıza neden olur.
Daha önce de demiştim, fakat ilginizi çekmedi sanırım mesajım. Konfigürasyon dosyasında bir takım değişiklikler yapmanız gerekiyor. Hosting yöneticinize #2006 hata kodunu söyleyin, gerekeni yapar sanırım. Belki ilginizi çeker;
http://forums.mysql.com/read.php?108,52535