Js içinde PDO sorgu çalıştırmam lazım

js dosyası içinde pdo sorgusu çalıştırmam lazım nasıl yapabilirim.

Doğrudan JS içinde yapamazsınız.
SQL sorgularını çalıştırıp, sonucu döndürecek bir PHP API oluşturmanız gerekiyor.

php de listelenen değeri değişkene js ile atayıp, if else gibi js içinde değişkene eşitolan datayı yazabilirmiyim

php ile javascripte atama yapabilirsin. Dediğin yöntem yapılabilir

Şu şekilde yapabilirsin .

<div id="test"><?php echo $degisken=0 ; ?></div>

Jquery ile

var d  = $('#test').text();

yada

var d  = $('#test').val();

ID değerinden değeri çekebilirsin , PHP ile sorgunu çalıştırıp bir html tag içine atıp , JQuery ya JS ile çekebilirsin.

js dosyaı içerğini php dosya olarak kaydet.
header("Content-Type: text/javascript"); ile başladığınızdabrowser tarfından uzantı php olsa da javascript olarak yorumlanır.
diğer işlemlerini de dosya içinde php tagı açıp kapatarak yaparsın