base seo url sorunu

Arkadaşlar şu sorunu nasıl aşıyorsunuz şu konu hakkında dam akıllı ne bir konu buldum nede bir yardım.
htaccess ile seo url yaptım buna görede base eklemek zorunda kaldım buraya kadar sorun yok ama bu seferda javascript kodlarım sorun çıkarıyor şimdi bu base url eklemeden bu sorunu nasıl aşabilirim seo url den vazgeçmek istemiyorum bu konu hakkında birisi yardımcı olacakmı bu acemiye acaba ?

stil dosyalarınızı ana dizinde mi tutuyorsunuz alt dizin demi ? biraz detay verirsen eğer.

klasöradı/sayfa.html gibi sef seolarda base kullanmazsanız sıkıntı çıkabiliyor. Bunun önüne geçmek için resimlerin,csslerin kaynağını bilsin diye tarayıcı base kullanırız.
src="https...." tam adresi yazıp deneyin bir de.

Zaten o şekilde yaptım sorun oluşan kısım javascriptlerde. Bu javascriptlerin click çalışması için ne yapabilirim diğer türlü tıkladığım an butona anasayfaya yönlendiriyor.