Forumda araştırdığım zaman herkesin lisans.php dosyası oluşturduğunu gördüm. Hatta bazıları alan kişi lisans.php yi silmesin diye adını bile değiştiriyormuş

Hiç gerek yok. Ioncube ile şifreleme yapıcaz sadece o kadar.
Bu kodu her sayfaya eklerseniz sorun çözülecek.
<?php
$site = $_SERVER["HTTP_HOST"]; //scriptin kullanıldığı site
$lisans = "lisansverilenadres.com"; //script için lisans verdiğiniz adres
$hata = "http://google.com"; //script, lisans verilen adreste kullanılmazsa yönlendirilecek adres
if($site == $lisans){}else{
Header("Location:$hata");
}
?>$hata 'da kendinze göre düzenleyip kendi sitenize de yönlendirebilirsiniz.Bunu ekledikten sonra ioncube ile şifreleyin. Yoksa doğal olarak silerler orayı

Lisanslamayı da şu şekilde yapacaksınız.
$lisans yerine scriptin kullanılacağı adresi yazıp ioncube ile şifreleyin.
Sonrasında dosyaları alacak kişiye verin