Gayet normal bir durum. Tavsiyeler:
1: Xml i parçalara ayırın.
2: Rabbitmq benzeri bir kuyruk yapısı kullanın. Her bir update işlemini kuyruğa atın.
3: Insert işlemi var ise tek bir insert into sql komutu kullanmaya çalışın.
4: Update işlemi var ise, where koşulunda ilk olarak id olmasına dikkat edin. Php ile aynı özelliklere sahip update'leri gruplayıp, "WHERE id IN (3,5,7)" yapılabilir.