Plesk panel default olarak mariadb kullanıyor diye hatırlıyorum. Ayarları kurcaladığınızda, plesk panelde şu şekilde bir seçenek görmelisiniz: 'Nginx proxy modunda mı çalışsın ?' tarzında bir seçenek olmalı. Bu varsayılan olarak işaretlidir. Bunun işaretini kaldırdığınızda nginx reverse proxy modundan çıkar, ana web server olur ve apache durdurulur.
Varsayılan olarak plesk panel son sürüm php-fpm ve php-cli kullanıyor, varsayılan olarak php-fpm etkinleştiriyor diye hatırlıyorum.
Lemp stack ise kontrol paneli olmadan, tüm işlemleri SSH Üzerinden yürüttüğünüz kontrol biçimi. Örneğin, plesk panelin arka planda yaptığı otomatik işlemleri, kurulumları manual yapıyorsunuz.
Plesk kurduğunuzda kendisi, nginx'i, apache'yi, php'yi, mariadb'yi, phpmyadmin'i otomatik olarak yüklüyor, bunları siz manual olarak kurup ilişkilendirmelisiniz. Lamp veya lemp stack kullanımı çok zor olmasada biraz tecrübe gerektirmekte.
Ayrıca .htaccess alışkanlığınız varsa, veya bu işlerde henüz yeniyseniz nginx size biraz karışık gelebilir, apache kullanmanızı öneririm. Nihayetinde nginx bağımlılık yapacaktır diye düşünüyorum