Osmanlı İmparatorluğu deniz kuvvetlerine bilgili subay yetiştirmek maksadıyla XVIII. yüzyılda İstanbul’da açılmış olan ilk askerî denizcilik okulu. İmparatorluğun giriştiği savaşlarda uğradığı yenilgiler, bilgili subaylara olan ihtiyacı meydana koyduğundan I. Mahmut’un saltanatı zamanında ve 1734 yılında Üsküdar Mühendishanesi açılmış fakat bu okul hiçbir yeniliği kabul etmeyen, yeniçerilerin tepkisi dolayısı ile kapatılmıştı. Daha sonra III. Mustafa zamanında 1765′te okul ikinci defa Haliç Karaağacı’nda açılmış ise de, dersleri yarı gizli bir şekilde yapılan bu okul da kısa bir süre sonra kapatılmıştır.

Cezayirli Gazi Hasan Paşa, kalyon devrinde donanmada görev alacak subayların ve komutanların matematik, coğrafya, gemicilik ve deniz ile ilgili dersler okutulan bir meslek okulundan mezun olmaları lüzumuna inandığından kaptan-ı derya olunca böyle bir okulun açılması için gerekli teşebbüslerde bulundu. III. Mustafa ile I. Abdülhamit’e bu hususları arz etti. Gazi Hasan Paşa’nın teşebbüsü, nihayet 1776′da tersane içinde Darağacı denilen büyük maçunanın yakınında bir göz tadil ettirilmek sureti ile donanmaya geometri ve coğrafyadan anlar personel yetiştirilmek üzere bir “Hendese Odası” açılmak suretiyle gerçekleşti.

Osmanlı İmparatorluğu arşivinde Mühendishâne’ye ait önemli bir belge olan Küçük Hüseyin Paşa’mn 26 Ocak 1797 tarihli lâyihasının birkaç yerinde Mühendishâne’nin açılış tarihi H. 1190 (1776) olarak gösterilmiştir.

İlk açıldığı tarihlerde Mühendishane’de matematik, coğrafya ve harita (gemi seyri) dersleri okutuluyordu. Darağacı’ndaki okulda öğrenci sayısı çoğalınca bina küçük geldi ve Mühendishane 1781′de kalyonların inşa kızakları ve tersane zindanı yakınında Mühendishane olarak yapılan yeni bir binaya taşındı. Kadrosundaki öğretmenlere ilâve olarak İstanbul’da bulunan bazı Fransızlardan da öğretmen olarak istifade edilmeye başlandı.

1795′te Mühendishane’de bir gemi inşa sınıfı açıldı. Bu sınıfa 10 öğrenci alındı. Gemi inşa sınıfı öğrencilerine öğretmenlik yapmak üzere Fransa’dan getirilmiş olan Brun adındaki bir gemi inşa mühendisi atandı. 1795 yılında Mühöndishane-i Berrî açılınca her iki Mühendishane için yeni bir nizamname kabul olundu. Bu nizamnameye göre Mühendisha-nelerin eğitim sistemleri birleştirildi.

Mühendishane-i Bahrî öğrencileri Perşembe ve Pazartesi günleri olmak üzere haftada iki gün öğretmen yardımcıları ile birlikte Mühendishane-i 861X1*-ye giderek bu okul öğretmenlerinden ders görmeye başladılar. Mühendishane-i Bahrî öğrencileri başlarına kalyoncu şalı sarmak, Mühendishane-i Berrî öğrencilerini ilk üç sınıfı humbaracı kalpağı üzerine beyaz ipek, son sınıf öğrencileri ise kalpaklar üzerine sırma şeritten işaretler koymak suretiyle birbirlerinden ayrılıyorlardı. Kaptan-ı derya Küçük Hüseyin Paşa iki Mühendishane’nin birleştirilmesi ile esas maksadın ortadan kalktığım görerek donanmaya iyi gemi kullanan, denizde gemi seyrini mükemmel bilen, haritadan anlayan subaylar ile tersaneye gemi inşa edebilecek eleman yetiştirilmek maksadı ile açılmış olan Mühendishane-i Bahrî öğrencilerinin derslerine kendi okullarında devam etmelerini sağlamak maksadıyla 1797′de bir lâyiha hazırladı ve bu lâfiiyâyı III. Selim’e sundu.Padişah lâhiyadaki istekleri tasvip etti. Bu suretle Mühendishane-i Bahrî’nin Mühendishane-i Berrî ile ilgisi kesildi. Mühendishane için daha elverişli bir binaya ihtiyaç duyulunca havuzlar sahasında yeni bir binanın inşasına başlanıldı. Kabakçı Mustafa ayaklanması bu binanın inşaatını durdurdu. XIX. yüzyıl başlarında Mühendishane-i Bahrî’nin kadrosu bir baş öğretmen, bir ikinci öğretmen yardımcısı, bir hattat, bir odacı ve 40 öğrenci idi 1821′de Kasımpaşa’da çıkan büyük yangın mühendishane binasını da yaktığından derslere bir süre ara verildi. 1822′de Divanhane yanındaki Parmakkapı mevkiindeki errehâne içinde tadilât ve ilâveler yapıldı ve Mühendishane burada açılarak derslere tekrar başlanıldı.

Mühendishane-i Bahrî, Prens adalarındaki asayişin muhafazası maksadı ile II. Mahmut tarafından 1828′de deniz erleri için Heybeliada’da yapılmış olan Bahriye Kışlası’na taşındı. Kasımpaşa’daki yeni bina 1838′de tamamlandı ve Heybeliada’da bulunan Mühendishane, Mekteb-i Bahriye adı verilen yeni binaya taşındı. 1848′de Kasımpaşa’daki bu okul binasının deniz hastanesi olarak kullanılmasına ve Bahriye Okulu’nun da Heybeliada’ya nakline karar verilmesi üzerine adadaki kışlanın tadiline ve onarımına başlandı. Kışlanın okul haline getirilmesi, 1850′de sona erdi. Bahriye Mektebi bu tarihte Kasımpaşa’dan Heybeliada’ya taşındı. Abdülaziz zamanında (1865) bütün askeri idadilerin ders programlarının birleştirilmesine ve bu okulların toplu bir halde Galatasaray’ında ders görmelerine karar verildi. Fakat Bahriye îdâdîsi bu birleşmeden çok zarar gördüğünden yapılan müracaatlar üzerine birleşmelerinden üç yıl sonra îdâdîler kendi okullarına döndüler. Bu yıllarda bahriye okulu tahsili; dört yıl îdâdî, dört yıl Bahriye (Harbiye karşılığı) olmak üzere sekiz yıl idi. 1878′de Bahriye idadisine öğrenci yetiştirmek üzere Kasımpaşa’da bahriye rüştiye mektebi açıldı. Bu okulu bitirenlerden isteyenler Bahriye îdâdîsine alınmaya başlandı. Abdülaziz zamanında okul gemisi gezilerine önem verildi. Bahriye üçüncü sınıflan 1873′te okul gemisi olarak tahsis edilen “Hüdâven-digâr” firkateyni ile Ege, Adriya ve Akdeniz’de eğitim gezisine çıktılar ve bu gezide Ege ve Adriya limanlarından başka Girid Adası Tunus ve Trablusgarp limanları da ziyaret edildi. 187 5′de bahriye üç ve dördüncü sınıflan kaldırıldı. Bahriye öğretimi iki yıla indirildi. Bahriye ikinci sınıfı bitiren öğrencilere mühendis denildi Mühendislik kara ordusundaki mülâzim-i sanî (teğmen) rütbesinin karşılığı bir rütbe idi. İki yıl olan mühendislik süresi 1877 Osmanlı-Rus savaşında bir yıla indirildi ve daha sonra tekrar iki yıla çıkarıldı.

Bahriye Okulu uzun yıllar bir nazır ve bir de müdür olmak üzere yüksek rütbeli iki kişi tarafından idare edildi. Bahriye Okulu nazırlığı 1909 yılında kaldırıldı. Okul komutanlığı kuruldu. Komutanlık unvanı kısa bir süre sonra okul müdürlüğüne çevrildi.

1915′te Kasımpaşa’da tersane içinde Camialtı mevkiinde deniz hapishanesi yanındaki binada çarkçı bahriye okulu açıldı. Bu okul daha sonra hükümetçe satın alınmış olan Heybeli’deki eski Rum Ticaret Okulu binasına taşındı ve mütarekeyi müteakip güverte bahriye okuluna nakledilerek derslere burada devam edildi.l916′da çarkçı bahriye okuluna bağlı olarak iki yıllık bir bahriye kâtip okulu açıldı. Bu okul da mütarekede çarkçı bahriye okulu ile birlikte Güverte Bahriye Okulu’na intikal ederek derslere bu okulda devam edildi.

Mütareke devresinde Bahriye Okulu’na öğrenci alınmadığından I. Dünya Savaşı sırasında okula alınmış olan güverte, makine ve kâtip sınıflarındakiler öğrenimlerine devam etmişlerdir. 1922′de okul süresi üç yıla indirildiğinden bu yıl iki sınıf birden mezun olmuş ve dört yıl okuyan öğrenciler bir yıl deniz talebeliği yaptıktan sonra mühendisliğe yükseltilmişlerdir.