Hocam "Pen Tool" bildiğim kadarı ile seçim aracı değil çizim aracıdır. Siz yanlış araş ile bu işlemi deniyorsunuz. "Polygonal Lasso Tool" aracı seçim aracıdır. Yapmak istediğinizi karşılayacağını düşünüyorum. Resmi biraz büyütün ve işleme bu araç ile devam edin. Yeri seçtikten sonra CTRL+C ile alanı kopyalayın CTRL+SHİFT+N ile yeni leyer oluşturun CTRL+V ile yapıştırabilirsiniz...

Kola gelsin.