Önceden yazdığın kodlarda tasarım ve php kısmını ne denli ayırdığına bağlı olarak geçiş süresi değişir. Ne kadar büyük bir script'in olduğunu bilmiyorum ancak "50 php dosyası" demen pek bir anlam ifade etmiyor zira onları tek dosyada da toparlayabilirsin
Tavsiyem smarty kullanmaya başla. Er-geç lazım olur. Belki şu anda üzerinde çalıştığın script'e uyarlamazsın ancak ilerde başka bir iş çıktığı zaman şu anda yaşadığın sorunları yaşamadan işini halledersin

koLay geLsin