Bu çok normal bir şey sitenize gelen hit düşükse çok aramalara çıkmıyorsa favicon güncellemesi süresi 1 aydan 3 aya kadar uzayabilir. Benim favicon 2.bucuk ay sonra güncellenmişti. Ama size bi tavsiye verebilirim. Yeni faviconun ismini değiştirin favicon1.ico yada png olarak güncelleyin. En azından google kodunuzu güncellendiğinizi görürse belki daha hızlı değişir.