Anlıyorum da bu dediklerinizi değil, veritabanı tablo yapılarını soruyorum. Veritabanının boyutu nedir? Tablo yapısında MyISAM kullanıyorsa ve veritabanı da 3GB'a yakın veya ondan büyükse sürekli kitlenir ve sunucuyu yorar. InnoDB kullanıyorsa RAM miktarının %80'nini ona ayırması ve ona göre konfigüre etmesi gerekir. Ayrıca, en iyi analiz sunucu yoğun çalışırken yapılmalıdır ama normal durumlarda load dediğiniz gibiyse endişe etmenize gerek yok. Yüksek trafikte oluyorsa MySQL-Server'ın optimize edilmesi gerekiyor demektir. Yoğun saatlerde top komutu çalıştırıp göstergeyi izleyin bakalım MySQL nasıl çalışıyor. RAM ve disk tüketim miktarı ne kadar inceleyip buraya paylaşırsanız ona göre bakalım.

Şunu da belirtmekte fayda var ki, her şeyi MySQL-Server'a bağlamak olmaz. Örneğin, sitelerde MySQL-Server'ı sürekli meşgul edecek eklenti vb. varsa onlar da neden olabilir. Yanlış PHP (veya ne kullanıyorsanız) konfigürasyonları da neden olabilir. Bu duruma tek taraflı bakmamak lazım yani onu demek istiyorum. Bu arada my.cnf dosyasıyla fazla oynamamalısınız özellikle sunucu yoğun çalışırken. İşlem yapmadan önce MySQL-Server'ı durdurmanızı öneririm yani bir işlem yaptınız diyelim. Önce durdurun, sonra başlatın ki halihazırda çalışırken hata verip daha büyük risk durumu olmasın.