Ayrı bir proje değilse aynı siteyi ./en ile tercüme etmek daha mantıklı olacaktır. Tüm linklemeleri de İngilizce versiyon için ./en/* şeklinde yaparsanız daha iyi sonuçlar alabilirsiniz. Yanılmıyorsam alternate tagı ile de Türkçe bir sayfanın İngilizce versiyonunu bota tanıtabiliyorsunuz.

anasayfa.php

<link rel="alternate" href="./en/index.php" hreflang="en" type="text/html">

en/index.php

<link rel="alternate" href="./anasayfa.php" hreflang="tr" type="text/html">

gibi gibi.