Olayı pek anlayamadım ancak iframede giriş yaptığınızda o sitede yetkilendirilmek istiyorsunuz galiba. Farklı alan adları olduğundan iframeli sitede oluşturulan çerez normal sitede işe yaramayacaktır. Login olup olmadığını kontrol etmek istiyorsanız konsol mesajlarını kullanabilirsiniz. Konsolda login olduğunda çerezleri yazdırıp js ile ekleyebilirsiniz. İframe ile çerez sorunları çıkabileceğinden size tavsiyem iframe kullandığınız sitede bir link daha oluşturup back endde iframe ile getirdiğiniz sayfanın kaynak kodlarını çekip kullanmanız.