En sağlıklı çözüm manuel kontroldür. Chrome'da geliştirici konsolunu açtığınızda "Sources" tab'ı altında görselde gördüğünüz "Coverage" menüsüne ulaşabilirsiniz. Bu menü altından kullanılmayan css/javascript ayrımını yapabilirsiniz.
Ancak unutmayın bu sadece açık olan sayfa için geçerli. Tek tek sayfa kontrolü yapılmalı.
En sağlıklı ve benimde üzerinde durduğum yöntem development aşamasında bunun kontrolünü yapmaktır. Webpack, Grunt veya Gulp ile çalışırken PurgeCSS gibi pluginler ile bunları yapabilirsiniz. Bu pluginlerin ise en büyük problemi Javascript ile sayfaya gömülen DOM HTML elemanlarını (örneğin javascripten direkt htmle import ettiğiniz bir div) yokmuş gibi davranması. Javascript dosyalarını taratabilirsiniz ancak garanti veremiyorum, her zaman atlama yapıyor. Ayrıca task manager'ınızda task sıralamasını mantıklı yapmalısınız. Javascripte oluşturulan DOM elemanları için en iyi çözüm kodun o bölümünü PurgeCSS ile ignore etmek. Oraya bütün olarak görmezden gelip dist folderınıza yazdıracaktır.