Php açık kaynak sistem olduğu için yani derlenmediği için okunan kodlama yapısı illaki kırılacaktır.Bakarsanız zaten büyük yazılımların hepsi wareze düşüyor (ör: Xenforo, vbulletin) onlar bile bu konuda çaresiz.Ancak destek ve özel eklentilerle bu sorunu çözüp lisans satmayı başarıyorlar.

Benim bu konuda size iki önerim var.
1- Yazılımı github üzerinden ücretsiz olarak açacaksınız.Sadece bağış toplucaksınız.
2- Yazılım sadece sizin sunucunuzda olacak müşteriniz size domain yönlendircek ancak hiç bi şekilde ftp vs. vermiceksiniz.Ki bu da bence etik değil.

Yazılımı hiç bir yere sürmeseniz bile özel temanız varsa temaya bakıp bile klonunu yapabilir.

Web dünyası maalesef bu şekilde.Şu an R10'u bile birileri klonluyor, bot yazılımlar ile.