Öncelikle Turhostun kalkıp sizin site dosyalarınızı sileceğini düşünmüyorum.
Ama sunucu bazında bir arıza olmuş ise buna bağlı olarak ucuda size dokunmuş olabilir.

Ftp bilgilerinizin başka birinde olmadığından emin olun.
Wordpress üzerinden saldırı yeseydiniz FTP de ki tüm dosyaları silemezlerdi.
Bunu tek mantıklı açıklaması ftp ye sizin dışınızda biri erişim sağlamış.

Cpnael üzerinden ip loglarını inceleyebilirsiniz sanıyorum.
Eğer inceleme yok ise, yine destek talebi oluşturup gün içindeki dökümü rica edin yardımcı olacaklarını umuyorum.