Merhaba,
Botnet saldırısı alıyorsanız eğer sahte ip ayırt etme gibi bir şansınız yok bu yüzden bunu yazılımsal olarak engellemek imkansız gibi birşey. Lakin freebsd'de pf firewall var kullanmanızı öneririm, gelen paketleri filtreleyebiliyorsunuz ( ÖRN : 2 saniyede 1 ip'den 3 bağlantı al fazla ise banla ) bu sayede saldırının verdiği hasarı büyük ölçüde azaltabilirsiniz.
Gerekli döküman :
http://www.freebsd.org/doc/handbook/firewalls-pf.html