Sorun sql ile ilgili değil. Tetiklediğin HTML objelerinin ID leri aynı ve çakışıyor. Aynı şekilde her include ettiğinde aynı java fonksiyonunu birdaha alıyorsun üst buda ayrı sebep ve window.load da tetiklediğinde şöyle bir durum doğuyor 5 tane veri döndüğünde 5 kere window load tetikletiyorsun buda hatalı. tek satırda yapabilirsin bunu. Ayrıca sürekli include etmek yerine bunu bi fonksiyon olarak kodlayıp çağırman en doğrusu. Senin için aşağıda toparladım.

Veri değeri kadar bi değişken atıyorum bu 1 den başlıyor $i=1; ve her veride bu değer 1 artıyor. Oluşturduğum fonksiyonda HTML nesnesinin idsini buna göre ayarlıyorum ve her kayıt için ayrı bir id oluyor ve gene java fonksiyonlarınıda aynı şekilde yaptım. Böylece her kayıt için ayrı bir java fonksiyonu oluştu.

<?php //index.php
include(ayar.php);
$database = mysql_query("select * from veriler");
$i=1;
while(list($zaman) = mysql_fetch_row($database))
{
 echo date('d.m.Y H:i:s', $zaman);  
 js_zaman($zaman,$i);
 $i++;
}
function js_zaman($zaman,$spid)  {
$sa = time() - $zaman;
echo '<font color=orange >
<SCRIPT type=text/javascript>
//////////////////////Burası Değişken/////////////////////////////////
var currenttime'.$spid.' = \''.date("Y F d H:i:s", $sa).'\' 
//////////////////////Burası Javascript/////////////////////////////////
var serverdate'.$spid.'=new Date(currenttime'.$spid.')
function padlength'.$spid.'(what){
var output'.$spid.'=(what.toString().length==1)? "0"+what : what
return output'.$spid.'}
function displaytime'.$spid.'(){serverdate'.$spid.'.setSeconds(serverdate'.$spid.'.getSeconds()+1)
var datestring'.$spid.'=(serverdate'.$spid.'.getMonth())+"</font><font color=Yellow >Ay</font><font color=orange >"+(serverdate'.$spid.'.getDate()-1)+"</font><font color=Yellow >Gün</font><font color=orange >"
var timestring'.$spid.'=padlength'.$spid.'(serverdate'.$spid.'.getHours()-2)+"</font><font color=Yellow >Sa</font><font color=orange >"+padlength'.$spid.'(serverdate'.$spid.'.getMinutes())+"</font><font color=Yellow >Dk</font><font color=orange >"+padlength'.$spid.'(serverdate'.$spid.'.getSeconds())+"</font><font color=Yellow >Sn</font><font color=orange >"
document.getElementById("servertime'.$spid.'").innerHTML=datestring'.$spid.'+" "+timestring'.$spid.'}
setInterval("displaytime'.$spid.'()", 1000);
</SCRIPT>
<SPAN id=servertime'.$spid.'></SPAN><br>';
} 
?>