Nasıl yaptıkları konusunda 10-15 sayfa yazmak isterdim ama ne benim yazacak ne de senin okuyacak kadar vaktin var.
Nasıl engelleyeceğin konusuna gelince;

Siteni inceledim. ASP-Nuke tarzı bir sistem kullanıyorsun. Muhtemelen Sql ya da MDB tarzı da bir veritabanın var. Trojanlar sitene seri bir şekilde defalarca girerek database yüzünden fazla kullandığın İşlem gücünün iyice tavan yapmasını sağlıyorlar. Böylece sayfan da belli bir süre açılmıyor.

Önlemi ne yazık ki sen alamazsın. Bunu hosting aldığın firmanın yapması gerekiyor. Fakat TR'deki çoğu hosting firması (ki seninki aylık 100$ ödeyip de bu işi evde oturduğu yerden halleden öğrenci kesimin hostingcisine benziyor) bu tarz saldırıları engelleyemiyor. Eğer gerçekten bu işten sıkıldıysa ve yurt dışı ile çalışmayı düşünürsen rahat edersin. Ha türkiye'de başarılı firmalar yok mu ? Var. Ama yurt dışına yıllık 100$ ödüyorsan onlara aylık 100$ ödersin.