Olay joomladan kaynaklanıyor.Aynı şeyi ben yaşıyordum ve ufak bir kafa karıştırma ile hallettim olayı.İlk reklam birimini normal modül ile koyarsın çalışır.İkinci reklam biriminide koyarsan 2. si boş çıkar genelde,ben bunu düzeltmek için yeni modül olştur dedim reklam kodlarını buna koydum modül pozisyonunu user8 yaptım diyelim ve mosauthorxtd botunu kurup her içeriğin son satırına reklam koyması için ayarını çektim ve son satırda gösterilecek yere {mosloadposition user8} yazdım böylece google amca joomla kodlamasından kaynaklanan salaklığı aştı ve reklamları düzgün çıkardı.