<?php
// Server 1 bilgileri
$server = "localhost";
$port = "3306";
$user = "user";
$pass = "pass";
$database = "db1";

$link1 = mysql_connect( $server . ':' . $port, $user, $pass );
mysql_select_db( $database, $link1 );
// Server 2 bilgileri
$server = "localhost";
$port = "3307";
$user = "user";
$pass = "pass";
$database = "db2";

$link2 = mysql_connect( $server . ':' . $port, $user, $pass );
mysql_select_db( $database, $link2 );
// server 1'den sorgu çekeceğiniz zaman
mysql_query( "SELECT * FROM .....", $link1 );
/* 
 ...
 ...
*/ 
// server 2'den sorgu çekeceğiniz zaman
mysql_query( "SELECT * FROM .....", $link2 );

?>