Internal Server Error hatası %90 .htacess dosyasından yada perl dosyalarından kaynaklanır linux sunucularda.
Bence gözden kaçırdığın bir htaccess dosyası vardır biryerlerde ve muhtemelen hostun htaccess dosyası yetki ayarlarında sorun var.
Vbulletin eger forum klasöründe ise ve sadece bu klasör çalışmıyorsa %100 htacces dosyasından kaynaklı bir sorun.Eger kullandığın FTP programında görünmez olan htacces dosyalarını göremiyorsan, forum klasörünün içine içeriği boş olan bir htacces dosyası gönder sorun düzelir.CuteFtp kullanıyorsan, görünmez dosyaları gösterme ayarını açıp yapabilirsin