öncelikle belirtmeliyim ki syn isteklerinin sıklığı ve bu syn istekler yuzunden makınanın performans dusuklugunu makınada apache yada mysql configürasyonlarının optıme edılmesıyle aşılıcak bir sorun değildir.
https://www.r10.net/site-guvenligi-sa...lik-geldi.html
yukarıdaki konudaki son mesajımda syn istekleri sunucunuzda limitlendirmeyi ve limitleriniz üstünde isteklerde ipleri engellemenizi kısaca anlatmıstım. Syn ler ıle ılgılı sisteminizde bu şekilde bir önlem alabılırsınız.
Sizin yukarıda bahsettıgınız synlerı ıcıne alan ama etkılenmeyen ayar zaten benım konuda yazdıgım mantıkla aynıdır. Syn istekler limitlendirilebilir ancak limit aşımında bunu engelleyebilmek için mutlak olarak ip blocklanmalıdır. Bu bağlamda zaten sunucunuza syn istek yapan her bir ip içeri alınıcak (yani tekil olarak ıstatıstıklerınıze yansıycak sanırım ıstedıgınızde bu

limiti astıgında sıstemden uzaklastırılıcak) zaten her uniq ıp nın 1 ıstekde 1000 ıstede gondermesı sızın ıstatıstıklerınızde sonucu degıstırmez. (Tekil ziyaretci olarak söyluyorum)
Onun dısında apache ve mysql optımızasyonları ile ilgili yardım istiyorsanız. Sizden sunucunuzun yogun zamanlarında sshtan top komutunu verip cıktısını buraya eklemnızı rica edicem ayrıca mevcut httpd.conf ve my.cnf ayarlarınızı.