Bir arkadaş yardımlarıyla sorunun çözümünü bulduk.

Release'den Stable versiyona geçiş yaptım.Daha sonra ssh'tan root olarak giriş yaptım.Ve şu komutları kullandım :

/scripts/upcp --force > Script update yaptı
/scripst/easyapache > Apache'yi güncelledi, permission'ları tekrar config etti

Daha sonra seçenekler geldi.5'i seçtim ve GD library vs gibi şeyleri seçti, sorun düzeldi : )

Cevap yazan arkadaşlara tekrar teşekkürler..