Aynı olayı yaşamıştım. Forumda ZointsSeo yüklü iken host firması safe mod ile ilgili bir değişiklik yapmıştı. Safe modu kapatmak için root'a yukarıdaki gibi php.ini dosyası atmıştık ancak rewrite sorunu çözülmemişti. Sorunu çözmek için .htaccess teki kodları değiştirmek gerekmişti.