İşte çözüm yolu:

<?php wp_list_cats('sort_column=name&exclude=5,47,7,11,32,30,26,46,52,31,18,17,13,,22,53,34,29,27,25,41,35,36,24,16,43,38,40,44,37,45,51,49,28,21'); ?>

"exclude=" den sonra alt kategorilerin numaralarını aralara virgül koyarak yazarsan kategoriler görünmez. Hepsini görünmez yaptığında ana kategori de kaybolacaktır. Bunun için de ana kategoriye herhangi bir konu aç veya varolan konulardan birini kopyala.
Alt kategori numaralarını: wp-admin/yönet/kategoriler kısmından bulabilirsin.