setcookie($id,"True",time()+3600);

bu bir header bilgisidir, bunu yollayabilmen için headerı tampona alman gerekir,

önce hangi dosyan çalışıyosa, ki ayar.php dosyan önce çalışıyor,
onun <? stırından sonrasına ob_start ekle, yukarı da kodları verdiğin sayfanın da
?><script>alert("<? echo $msg; ?>");

satırının üstüne
ob_end_flush(); ekle