allah allah. o zaman biz direk my.cnf üzenleyip öyle bir deneyelim. innodb kapatmayalım o zaman

[mysqld]
socket = /var/lib/mysql/mysql.sock
skip-locking
key_buffer = 256M
table_cache = 1024
max_connections = 1000
query-cache-type = 1
query-cache-size = 32M
max_allowed_packet=64M
safe-show-database
set-variable=local-infile=0
max_allowed_packet = 32M

bu şekilde
/etc/my.cnf düzenleyip
mysqld ye restartı bi bas. her ihtimale karsı aktif my.cnf yedegini al ki sitelerin kapalı kalmasın.