"Lost connection to MySQL server during query" Bu hatanın sebepleri aşağığıdaki gibi sıralanabilir

1 - Eğer 8 saat (28800 sn) boyunca herhangi bir işlem yapılmassa Sunucu zaman aşımına uğrar ve bağlantıyı koparır. Sorun zaman aşımını artırarak çözülebilir. Bunun için /etc/my.cnf dosyası içinde aşağıdaki kod eklenir

wait_timeout =

2- Diğer bir sebeb sunucuya hatalı veya çok büyük sorgular göndermenizdir.Eğere mysqld aşaırı büyük veya hatalı kod alırsa sunucuda bir şeyin ters gittiğini varsayarak bağalntıyı otomotikman apatır. Eğer büyük sorgular çalışıtıracaksanız mysql sorgu limitinizi artırmalısınız. Bunun için /etc/my.cnf dosyasındaki aşağıdaki komutu ekleyin (düzenleyin)(varsayılan değer 1MB dır

max_allowed_packet =

Eğer mySQL 4.0 ve üstü sürüm kullanıyorsanız

  [mysqld]
  # Allow packets up to 1M
  max_allowed_packet=1M

Eski sürüm mySQL kullanıyorsanız

  [mysqld]
  # Allow packets up to 1M
  set-variable = max_allowed_packet=1M

Daha fazal detay için aşağıdaki konulara bakabilirsiniz
MySQL AB :: MySQL 5.0 Reference Manual :: B.1.2.8 MySQL server has gone away
MySQL AB :: MySQL 5.0 Reference Manual :: B.1.2 Common Errors When Using MySQL Programs
MySQL AB :: MySQL 5.0 Reference Manual :: 7.5.2 Tuning Server Parameters
MySQL AB :: MySQL 5.0 Reference Manual :: 4.3.2 Using Option Files
MySQL AB :: MySQL 5.0 Reference Manual :: 13.5.4.27 SHOW VARIABLES Syntax