<? ?> bunları tanımlamıyorsa zaten scriptin arasına php kod yazamazsın söyle dene birde
<?php
$id = $_GET['id'];
echo "<SCRIPT>
var windowNesnesi
function yeni(){
windowNesnesi = window.open( \"./ayrinti.php&id=$id\", \"YeniPencere\", \"width=710, height=420, left=200, top=0, scrollbars=0, toolbar=0, menubar=0, location=1,directories=0,status=0\")
}
</SCRIPT>";
?>