Sorun yok. Daha önce gözümden kaçmış. Conf dosyan içerisinde iki tane [update] bölümü var. Üsttekinin altında baseurl yok ve hata veriyor. alttakinin altında ise var. Sanırım ayar yaparken bir bölümünü yanlıştıkla kopyaladın. Eğer conf dosyandaki ilk update bölümünü silersen

[update]
name=Centos-$releasever - Updates

sorun ortadan kalkacaktır. Kolay gelsin.