Frameleri hata olarak algılamıyor, her framedeki sayfayı bağımsız olarak algılayıp hatalarını gösteriyor.
Yukarıdaki resimde mesela forumun kodlarında sorun yok, reklam-ust.html ve bakyan.php sayfalarında hatalar var.

Hangisini seçip tamam derseniz o sayfanın kaynak kodlarını ve hatalarını gösterir.

Son olarak validator.w3.org ile birebir aynı sonuçları vermiyor, atladığı bazı hatalar veya fazladan hata olarak gördüğü kodlar da olabiliyor..
Hazırladığınız dosyaları upload etmeden önce son bir defa da validator.w3.org adresinde test etmenizi tavsiye ederim.