Teşekkürler yazı için.

Fakat, google önbellektende görülebileceği gibi indexlere kendisi <base href="http://www.indexlisayfaninadresi.com/indexlisayfaurlsi.php"> şeklinde tag ekliyor.
<a href="index.php">başlık</a> ile <a href="http://www.site.com/index.php">başlık</a> arasında fark olduğunu sanmıyorum.

<a href="index.php"> gibi verildiğinde link sitenin domainini biliyor. <base href=""> tagı ile.