Bu doğal bir durum olsa gerek. Google botları siteye giriyor dolaşıyor index işini bir ay sonra yapıyor örneğin. Yani şuanki sitende olan linkler botlarca bir ay sonra indexleniyor. İndexlenen dosyaları sen daha sonradan siliyor olabilirsin kırık link oldukları için. Bu sayfalarda 404 verdiği için siliyor olabilir.

Ama genel itibari ile normal bir durum bu.
(Index sayısı düşüp sonra artıyorsa)