Buradan bişey anlamadım.

Birkere dosyayı düzenleme yetkisi vermiyorsa dosyayı silme yetkiside vermez. Nasıl oluyor dosyayı silebiliyorsunuz? veya ben sizi tam anlıyamadım.

yinede siz root olarak ssh den

chown kullanıcı-adı /dizin/kullanıcı/httpddocs

eğer halen dosyaları düzenleyemiyorsa.

birde bunu deneyin

chmod 777 /dizin/kullanıcı/httpddocs/ilgilidosya.php

Dosyayı düzelttiniz işiniz bittiyse tekrar

chmod 644 /dizin/kullanıcı/httpddocs/ilgilidosya.php

Eğer hiç biri işe yarmazsa ftp den aldığınız hatayı yazınız.