php.ini'de

max_execution_time = 60 ; Maximum execution time of each script, in seconds
max_input_time = 60 ; Maximum amount of time each script may spend parsing request data
memory_limit = 8M ; Maximum amount of memory a script may consume (8MB)

Değerleri var saniyeyi değiştir.Yada daha basit bir yöntem ssh ile yüklersen hiç bir sorun çıkmayacaktır.