eğer veritabanında eski veriler sorunsuz görünüyorsa yabancı bir serverdaysan serverın charsetinde sorun olabilir.
httpd.conf dosyasındaki AddDefaultCharset ISO-8859-1 yerine AddDefaultCharset ISO-8859-9 yapmalısın yada yapmalılar daha sonra apache restart attığında sorun çözülmeli.

Olmadı ise;
yine scriptinde bir sorun olabilir.ARtık neresinde charset tanımlanıyorsa nerde o değişken veriliyorsa oraya
var $encoding = "ISO-8859-9"; yapman sorunu çözebilir.

Olmadı ise;
)ENGINE = MYISAM DEFAULT CHARSET = latin5
database yedeğinde bunun kullanılıp kullanılmadığına bak tablo sonlarında.
Eğer bu ise ve 4.0 dan 4.1 e upgrade problemi ise yaşadığın.
1-tüm bu kolonları kaldırıp deneyin
2-ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_turkish_ci
yapıp deneyin
3-) TYPE=MyISAM; ise eğer )ENGINE = MYISAM yapıp deneyin.

tüm bu işlemleri yaparken yedeğiniz kesinlikle olsun
eğer olmaz ise yine bu sefer my.ini üzerinde bir değişiklik söyleyeceğim.