Bence şöyle yap:

yedeğini aldığın versiyonun aynısını indir. Örneğin 3.5.4.
Ardından onu ftpne at üstüne yaz.Database vs. uğraşmazsın.Sonra upgrade et.

Ama artık çok geç diyorsan.
Vb ile aynı versiyonunu indir. Sonra yedeklerini yükle ardından upgrade et.