O bahsettiğin scripler .htacces ile exploitleri engelliyor ayrıca sunucun güvenliyse pek sorun olmaz 777 değerini genelde değişiklikler yapmak amacıyla veriyorsun işin bitince ilgili klasör veya dosyaların değerini düzenlersin yeniden mesela joomla içerik yönetim sisteminde genel olarak dosyaların değeri 644 klasörlerin değeride 755 olarak tutulur ayrıca .htaccess'e şu kod eklenir (Joomla için örnek veriyorum) ancak aslolan sunucunun güvenliğidir yoksa bütün bunlar yalan olur. Aşağıdaki kod exploitleri bloklar joomla için

## Joomla Security Section (has nothing to do with SEF/SEO)
## Begin - Rewrite rules to block out some common exploits
## If you experience problems on your site block out the operations listed below
## This attempts to block the most common type of exploit `attempts` to Joomla!
# Block out any script trying to set a mosConfig value through the URL
RewriteCond %{QUERY_STRING} mosConfig_[a-zA-Z_]{1,21}(=|\%3D) [OR]
# Block out any script trying to base64_encode crap to send via URL
RewriteCond %{QUERY_STRING} base64_encode.*\(.*\) [OR]
# Block out any script that includes a tag in URL
RewriteCond %{QUERY_STRING} (\<|%3C).*script.*(\>|%3E) [NC,OR]
# Block out any script trying to set a PHP GLOBALS variable via URL
RewriteCond %{QUERY_STRING} GLOBALS(=|\[|\%[0-9A-Z]{0,2}) [OR]
# Block out any script trying to modify a _REQUEST variable via URL
RewriteCond %{QUERY_STRING} _REQUEST(=|\[|\%[0-9A-Z]{0,2})
# Send all blocked request to homepage with 403 Forbidden error!
RewriteRule ^(.*)$ index.php [F,L]