Zaten 50 mb'dan büyük veritabanları can sıkar
2 önerim olacak, 1.si tahminimce belli bir tabloda hata alıyorsun.O tabloyu tespit edip phpmyadminden düzelt, ben sadece bir satır yüzünden sorun yaşıyordum, karakter latin seçiliydi; charset i değiştirdim, tablonun içini notepad e alıp; sildim.En son o tabloyu tekrar yükledim.

Diğer önerim, kısmen taşıma, farkındayım zahmetli ama senin çözümün bu olabilir.Tablo tablo ya da data ayrı table ayrı.Yani ikisini tek seferde çekme, bir dump da birini diğer dump da diğerini işaretle.

SSH da yani telnetle bağlandığında komutlarla almak en kolayı aslında, ama ben yarıda kalma, bir yerde tıkanma aldığımda SSh denediğimde oldu, yani taşıdım.Ama veritabanı çalışmadı.Yani SSH biraz zorbadır.Hatayı düzeltmeden alır, haliyle çalışmaz.Hatayı taşırken bulmanı öneririm.Büyük veritabanlarını taşımakla ilgili google aramalarını ingilizcen varsa tavsiye edebilirim.Ama bunlardan farklı bir yöntem duymadım.Bana en çok yardımcı olan kaynak, SSH için Backing Up Your Database « WordPress Codex