Doğru bu şekilde bir link verilmiş olabilir.
Aslında büyük sorun dosyaların;
./index.php/
./index.php/oyun.php/
./index.php/oyun.php/makale.php/
diye iç içe sayfalar olması idi googlede. Çünkü her dosyayı ayrı dizin gibi görüyordu. İç içe sayfa gibi oluyordu.

<base href=http://site.com>
Bu tagı eklediğimde ana dizin olarak siteyi gördüğü için iç içe klasör gibi olmuyor. Tekrar teşekkürler.