Şöyle bi mantık üzerinde çalışabilirsin .. Eğer exec() yada system() fonksiyonları izinli ise ;

<?

$satirlar = system("ps aux | grep murat_tr | grep -v grep | wc -l");

if ($satirlar == 1) {
echo "Arka planda murat_tr dosyası çalışıyor";
} else {
echo "Dosya muhtemelen çalışmıyor..";
}

?>